2006年シーズンも大詰めを迎えた。第16戦ポルトガルの舞台は、エストリルサーキット。開幕前のテストでは、いい感触を得ており、リタイアに終わった日本GPの分もと気合いを入れて臨んでいた。しかし、走り始めるとコースが汚れていてコンディションがまるで違う。さらに紀行の違いもあり、路面温度も低い。それでもコンディションに合わせながらマシンをアジャストしていくと、徐々に仕上がっていき、いい感触を得ていた。しかし、予選初日に転倒を喫してしまい、9番手とやや出遅れてしまう。
予選2日目は、セッション終盤にタイムアップを図るものの、うまくクリアラップを取れず予選12番手に沈んでしまう。トップとのタイム差も少なく、タイムを縮められる力があっただけに、悔やまれる予選結果となってしまった。ただ、決勝に向けてのセッティングは、決まっており、スタートから追い上げていこうと思っていた。

レースがスタートし、すぐにポジションを上げていく裕紀。トップグループに早く追いつきたかったが、他のライダーとぶつかりそうになってしまい、その差は開いてしまう。それでもセカンドグループに追いつくと、ホルヘ・ロレンゾなどを、すぐにかわし、集団のトップに立つと、トップグループを上回るペースで周回を重ねる。
しかし、この追い上げがタイヤの消耗に影響したのか、何度も転倒しそうになってしまい、ペースを上げられない。そこをロレンゾにかわされてしまい6番手にポジションダウン。そのポジションを何とかキープしてチェッカーフラッグを受けた。